BioX1-97

科學與研究方法

預定進度：

98-1 (每隔週五 15:30~17:20)

主題	日期	演講者	題目
1C 生化之路	2009/09/18	莊榮輝	超強的 PowerPoint 編輯技巧
1C 生化之路	2009/10/02	楊健志	淺談科學哲學
1A 直觀生化	2009/10/16	黃楓婷	R-loop：特殊 RNA-DNA 結構 - 華森克里克外的奧秘
1A 直觀生化	2009/10/30	Yong Wan	Ubiquitin-dependent proteolysis in the control of biological function and disease status
1E 生化之旅	2009/11/13	全體	龜山島生化之旅
1B 內觀生化	2009/11/27	宋賢一	生化百科
1D 異想生化	2009/12/11	張世宗	創意生化
1A 直觀生化	2009/12/25	徐麗芬	Evidence-based R&D of medicinal plants for cancer chemoprevention

98-2

主題	日期	演講者	題目
1A 直觀生化	2010/02/22	張世宗	The SUMO system in Chlamydomonas reinhardtii
1D 異想生化	2010/03/01	黃楓婷	Next-generation sequencing
1A 直觀生化	2010/03/08		請自行選擇聆聽三場校內外的演講並提出參加證明
1B 內觀生化	2010/03/15	楊健志	Pigments of Life
1A 直觀生化	2010/03/22	張俊哲	Stories Behind the Cover Stories
1B 內觀生化	2010/03/29	常怡雍	生化學家楊祥發的故事
1C 生化之路	2010/04/12	莊榮輝	綺麗與夢幻 (我的童年到大學成長歷程)
1B 內觀生化	2010/04/19	王愛玉	Lorenzo's Oil

預定進度：

97-1 (日期連結簡介)

主題	日期	演講者	題目	課程內容
1A 直觀生化	08/09/19	張世宗	生化方程式的加減與『成』『除』Post-translational Modification	課程內容
1D 異想生化	08/10/03	楊健志	藝術與生化	課程內容
1A 直觀生化	08/10/17	李平篤	鳥生化	課程內容
1B 內觀生化	08/10/31	莊榮輝	非凡天才：費曼傳奇 No ordinary genius: Richard Feynman	課程內容
1A 直觀生化	08/11/14	徐麗芬	草藥科學化的研發之路	課程內容
1C 生化之路	08/11/28	張世宗	『科學之路』導讀	課程內容
1C 生化之路	08/12/12	各教師	生化探索座談會
1A 直觀生化	08/12/26	莊榮輝	澱粉磷解脢的未解之謎 Untold story for starch phosphorylase	課程內容

97-2

主題	日期	演講者	題目	課程內容
1C 生化之路	97-2 學期	科學影片	請自選影片在學期中自行觀覽	課程內容
1A 直觀生化	09/02/16	王愛玉	植物的 SWEET 計畫：I. 蔗糖合成酶扮演的角色 The SWEET project of plants: I. The roles of sucrose synthase	課程內容
1B 內觀生化	09/03/02	蘇仲卿	Fifty years of biochemistry research experienced tremendous changes in the technology but not the principle
1A 直觀生化	09/03/16	常怡雍	危機總動員：植物高溫逆境之生化研究	課程內容
1E 生化之旅	09/03/30	全體	臺灣發展生技產業之優勢與劣勢 (宜蘭生技之旅)
1D 異想生化	09/04/13	岩素芬	生化 • 印象	課程內容
1A 直觀生化	09/04/27	楊健志	從演化到生化 - 植物新功能蛋白研究
1A 直觀生化	09/05/11
1C 生化之路	09/05/25	王愛玉	生化研究的道德觀 (與 BioX2 合上、全體教師座談)

1A 直觀生化： 8 帖

1A01

08/09/19	張世宗：生化方程式的加減與『成』『除』Post-translational Modification
摘要	2004 年諾貝爾化學獎頒給了 ubiquitin-proteasome 降解系統。完了！只要是從事與這個研究主題相關的科學家都沒希望了。是這樣嗎？還是因為能見度變高了，反而更能形成顯學。你知道嗎？截至日前，以 PubMed 搜尋 proteasome 可以找到 13,749 篇文章；搜尋 ubiquitin 可以得到 21,601 篇文章，光 2008 年一月到九月就貢獻了 2,000 篇，並且還持續在增加。可見圍繞在這個研究主題的相關課題，還是很夯！真是不懂，不過是將蛋白質合『成』出來又把它去『除』的奇怪邏輯，細胞到底在想什麼？某研究生說：蛋白質修飾作用好像很複雜！師曰：這才是考驗想像力與邏輯思考能力的終極論文題目！此研究生：@___@~ (無言以對，想換研究室。)
圖表

議題	有什麼設計能比 Central Dogma 還要巧妙？但是蛋白質修飾作用，或許才是造物者不按牌理出牌的秘密武器！
其他	檔案下載：[BioX_2008_SCC.pdf]

1A02

08/10/17	李平篤：鳥生化
摘要	本次上課沒有太具體的主題，想從本人喜愛的休閒活動『賞鳥』為楔子，引伸述及『鳥生化』：可能包括『鳥的生化』、『鳥與生化』、『很鳥的生化』、『生化的鳥』等。除介紹『臺灣野鳥生態』外，也將說說植物二級代謝物和植物生化之『蔗糖生合成與代謝』。
圖表

議題	1) 野鳥為什麼要遷徙 (migration)？遷徙時如何提供能量？ 2) 就植物生化言之：何以蔗糖生合成主要經由『sucrose phosphate synthase』而非『sucrose synthase』
其他	檔案下載：[BioX1A02 bird.pdf]

1A03

08/11/14	徐麗芬：草藥科學化的研發之路 Evidence-based research and development of herbal medicines
摘要	草藥是伴隨我們成長的記憶之ㄧ。總是不知道為什麼媽媽給我們喝這種黑黑褐褐的，不知是什麼東西在裏頭的中草藥湯？而跌倒損傷的狗皮膏藥到底又是啥東東？這些總是有健身或治病的效果。在西藥開發面臨瓶頸之際，如何研發中草藥赋予其嚴謹的科學證據，讓我們祖先流傳的寶藏得以發揚光大，實為我們應盡的一份力量。
圖表
議題	1. 草藥之研發歷史與現況 2. 草藥研究之基本研究技術平台 3. 系統生物學研究如何運用到草藥科學化
其他	檔案下載：[BioX1 081114 SLF.pdf]

1A04

08/12/26	莊榮輝：澱粉磷解脢的未解之謎 Untold story for starch phosphorylase
摘要	這個酵素被發現五十多年了，在各種植物的澱粉組織中含量也很多，但是到現在還沒有人知道它的真正作用是什麼。十幾年來，我們致力於其分子構造與生理功能的探索，發現很多奇特的現象，也漸漸對其可能的生理角色有所想像，但是如此的成果並不被主流所接受。我們應當捨棄原來的方向，回歸主流？或者堅守自己的看法與努力？在研究的世界裡，無論從歷史或未來看去，如此的事件將會不斷發生，也將寫下各種科學研究多采多姿的傳奇探索故事。
圖表
議題	科學之路 (第九章) 困難
課後記錄	1. L78 尾端有一段 proline rich 胺基酸序列，是否可能帶有 SH3 binding domain? (目前沒有找到) 2. 如果 L78 是從 intron 演化的，把 L78 和 SP 的 genomic DNA 做比對，也許能找出 conserve sequence。 3. 由波菜的 L-SP knock out mutant 看來，L-SP 似乎不影響植株性狀，那 L-SP 在澱粉生合成或代謝可能的角色為何？ (阿拉伯芥 L-SP mutant 一般營養組織沒有性狀改變，可能要觀察種子和其他器官) 4. Second binding site B 對於 L-SP 的活性是否有必要性或特殊意義? (由 G4 以下是 SP 的良好基質可以看出，L78 可能會選擇 G1~G4 長度) 5. L78 上有沒有 glycosylation site？ L78 是否經由 glycosylation 修飾後，提高合成 primer 的能力？ Primer 鏈長達到一定程度時，再由 D-enzyme 把 glucan 從 L-SP 切出來。 6. L-SP 磷酸化的意義，可能在於促進與 proteasome 之間的 interaction，誘發裂解，而非影響活性。 7. Cytosolic L-SP 可能和 heteroglycan 生合成相關？ (賈儒珍整理)
其他	檔案下載：[SP 2008 short.pdf] JuangWeb 網頁簡介澱粉磷解脢 Chen HM, Chang SC, Wu CC, Cuo TS, Wu JS, Juang RH (2002) The catalytic behavior of L-form starch phosphorylase from sweet potato roots is regulated by proteolysis. Physiol. Plantarum 114(4): 506-515. (PubMed)

1A05

09/02/16	王愛玉：植物的 SWEET 計畫：I. 蔗糖合成酶扮演的角色 The SWEET project of plants: I. The roles of sucrose synthase
摘要	蔗糖，曾經改變了人類歷史的軌跡。植物是蔗糖的生產者。我們沿著驅動植物生命力的主軸―蔗糖的轉運、代謝與利用，探索蔗糖合成酶的角色。尋尋覓覓十數年，在山窮水盡之際，我們窺見了解開真貌的部分密碼。
圖表
議題

其他

1A06

09/03/16	常怡雍：危機總動員 - 植物高溫逆境之生化研究
摘要	專家預測，目前氣候變遷的趨勢將導致未來熱浪的天數與頻率明顯地增加。這樣的變化趨勢，將對農業形成艱鉅之挑戰。因為，根據過去的統計數字顯示，農業生產的損失主要原因正是熱浪所帶來的高溫及乾躁天氣所致。如何減低乾旱及高溫逆境對農作物的衝擊，這個問題也將變得越來越重要。對於植物高溫逆境反應的理解，或許有助於提出對策。先進的生化與遺傳學工具提供了很好的研究契機。
圖表
議題	研究觀點：植物有別於其它物種的耐熱機制有哪些？為什麼？
其他

1A07

09/10/16	黃楓婷：R-loop：特殊 RNA-DNA 結構 - 華森克里克外的奧秘
摘要	人類基因體於 2003 年已完全解碼，揭開了我們一窺生命奧妙的序幕。在這後基因體時代中發現，DNA 可不只扮演傳遞生物密碼的角色，還有其他迷人的功能。除了華森克里克所發現的 B-form DNA 結構外，你還知道生物體內有多少種其它的 DNA 結構嗎？它們具有何種功能呢？
圖表
議題	(1) 什麼是 R-loop？ (2) R-loop 的生理功能？
其他

1A08

09/12/25	徐麗芬：Evidence-based R&D of medicinal plants for cancer chemoprevention
摘要
圖表
議題
其他

1B 內觀生化： 1 帖

1B01

08/10/31	莊榮輝：非凡天才：費曼傳奇 No ordinary genius: Richard Feynman
摘要	費曼是美國的物理學家，得過諾貝爾物理獎，一生只發表了 37 篇論文。他對於世界萬物的看法非常特殊，常常以反璞歸真的清澈角度去審視一切，直接而有效。他的一些行為與想法，對生物學家乃至所有科學家，非常值得省思。讓我們用影片 (BBC Horizon) 以及投影片來看他精彩的一生。
圖表
議題	科學之路 (第六章) 直覺
其他	這個部份是通識課程『細胞、分子與生命』中的一個段落 (可下載 pdf)，特提供於本課程。 BBC: Horizon: The pleasure of finding things out Wikipedia: Richard Feynman

1C 生化之路： 2 帖

1C00

08/09/19

莊榮輝：『研究生涯』系列

摘要

把一些研究上的注意事項與小故事，以談天方式聊個十分鐘，同學都覺得相當有用。

在每次 BioX1 前段，莊榮輝借用 10 min 告訴大家一些實驗、研究相關的有趣故事或有用心得。

圖表

議題

研究生涯 (共 13 篇)

其他

參考莊榮輝『新生專題』科學之路講義

1C01

08/11/28	張世宗：『科學之路』導讀
摘要
圖表
議題	科學之路 (The art of scientific investigation) 前言
其他	投影片 [BioX1C1 ASI.pdf]

1C Movie

97-2	莊榮輝：推薦與科學相關的影片
電影	巴斯德 (The Story of Louis Pasteur)	Warner Brothers (1936)	[87 min x 1 DVD]
電影	愛迪生 (Edison, The Man)	MGM (1940)	[107 min x 1 DVD]
電影	2001 太空漫遊 (2001: A Space Odyssey)	MGM-Turner-Warner Brothers (1968)	[148 min x 1 DVD]
紀錄片	伽俐略對話錄 (Galileo's Dialogue)	Discovery Channel: Great Books (1997)	[50 min x 1 DVD]
紀錄片	世紀科學成就 (Century of Discoveries)	Discovery Channel	[100 min x 10 DVD]
紀錄片	DNA 時代 (驚異的小宇宙︰人體 III 遺傳子)	NHK (1999)	[50 min x 6 DVD]
紀錄片	物種源始論 (Origin of Species)	Discovery Channel: Great Books	[36 min MPG] *
紀錄片	還有上面的非凡天才：費曼傳奇	BBC: Horizon (1993)	[60 min MPG] *
電視影集	Galileo (YouTube / Kennison University)	白宮風雲 The West Wing	[4 min] *

以上影片都可以由 520 借出，請向 520 室長 (3366-4447) 接洽。 * 後面三個節目燒錄在同一張光碟。

1D 異想生化： 2 帖

1D01

08/10/03	楊健志：藝術與生化
摘要	從達文西，米勒，莫內等人的藝術創作，嘗試討論藝術與生化 (或科學) 的巧妙連結。議題包括酵素催化的專一性，光譜分析的應用，訊息傳導與基因改造，DNA 雙螺旋及植物二次代謝物。最後總結藝術與生化研究的共通性，包括敏銳的觀察，美的追求及創造力。
圖表
議題	1. 生化學家也可以是藝術家？ 2. 你可以從博物館，美術館中看到別人看不到的生化或科學知識。 3. 藝術的創造可以啟發科學的發現。
其他	莊榮輝部份的投影片 [BioX1D1 Art.pdf] + 梵谷 Brain Story (BBC) (YouTube)

1D02

09/04/13	岩素芬：生化 • 印象
摘要
圖表
檔案	生物技術在古物保存與修復的新應用趨勢 [yensf.doc]
參考文獻	[sdarticle-39.pdf]

1E 生化之旅： 0 帖

1E01

08/12/26	未定
摘要
圖表
議題
其他