要純化或分離出某種蛋白質，就要利用蛋白質之間某些 性質上的差異，例如它們的形狀、大小、比重等不同。 

如上圖的假想例中有 12 個物件，其大小、形狀與比重都不完全相同。若我們要分離出其中的 5 號木球，首先用一大一小兩種篩子，就可去掉 1, 2, 3 號三個較大者，以及 9, 10, 11, 12 號四個較小者。剩下的 4 - 8 號都有相同的大小，但因比重不同，在一個裝有密度梯度溶液 (如甘油梯度) 的量筒中，7 號石頭塊很塊下沈，六號棉球又無法下沈，我們因此可以在中央部份收到木質的4, 5, 8 號物件。然後把這最後的三個物件放在一斜坡上滾下來，5 號木球會因為形狀的關係滾得最快，而 4 號因為是方塊而幾乎不動，8 號則介於兩者之間慢慢滾下來。我們因此可以分離得到 5 號木球，同時也可分得 4 號及 8 號。

在實際生活裡，我們當然不會用如此笨拙的方法來分離這些東西，但其基本原理與蛋白質的分離與純化非常類似；我們的確利用蛋白質間分子量、分子形狀及密度的不同，或者分子所帶電荷不同，來作酵素的純化分離工作。

酵素研究大多要先把該酵素純化出來，才能夠做進一步的分析與鑑定。酵素來源通常由細胞取得，在打破細胞後離心，可除去與細胞碎片。所得到的巨分子中，有核酸、蛋白質、多糖類與脂質的聚合物 (脂質不是巨分子)，我們可以用硫酸銨把所有蛋白質沈澱下來，酵素即在其中。接著，我們可以利用各種酵素間不同的性質，來做進一步的純化；例如，分子量不同的酵素，可以利用膠體過濾 (gel filtration) 來分離之。以上所列的各種性質差異，都可以選擇利用來分離純化蛋白質，一直到接近純質為止。

均質當然都放在第一步，然後通常是蛋白質沈澱，可用硫酸銨或者有機溶劑。接著多用層析法，離子交換法大多用在較早的步驟，其分離能力相當強大；而親和層析法則先後均可，可視情況而定。出乎意料的，膠體過濾法多用在中後期的步驟，可能這時候樣本較純，以分子量分離效果較好，且可順便脫鹽之故 (因為離子交換或親和層析多用高濃度鹽溶離)。

資料來源： Bonnerjera et al. (1986) Bio/Technology, 4: 954-958.