微量的純化與分析技術，使得生化學家可以快速分離出一個蛋白質，並且準確判斷此蛋白質的身分。 

通常從一個細胞樣本中，把 總體蛋白質 抽取出來，以二次元電泳分析之，定出所要找的目標蛋白質色點；切出此色點後，可直接在膠體中以專一性蛋白脢水解之，並以 HPLC 或毛細管電泳分離出單一胜汰片段，此一片段可用質譜儀或胺基酸定序儀分析其胺基酸序列，所得胺基酸序列由電腦資料庫中搜尋，即可判別原蛋白質的身分。 

Proteome 這個字是由 genome 衍生來的，故與 genome 有密切關係。Genome 是一個細胞染色體上全體基因的總稱，假設這些基因全數表現成蛋白質，此一總體蛋白質即稱為 proteome。 當各物種的 genome 一一被解出之後，我們可以翻出其總體蛋白質，由其所含的蛋白質種類，即可推測該細胞的代謝生理，或者其生理病變。要記得一個細胞內的總體基因，並不是每一個基因都正在表現，因此一個細胞的 genome 會因表現時期差異而有許多不同的 proteomes。 由於 genome 及 proteome 都是龐大的資料庫，如何應用電腦以及分析軟體，已成為一專門學科 bioinformatics，日益重要。 

基因定序的工作目前幾乎已經完全自動化，人體的全部基因在 2000 年中期應該可以完全解出來，而水稻的染色體序列，已經被 Monsanto 祕密完成，即將完全公開；對於基因序列的使用，美國與英國已經呼籲應該由人類所共享。因此，我們應可跳過基因定序的浩大工程，直接開始思考『後基因時期』的新型態研究工作 (生醫報導 陳培哲：追求卓越計畫 - 基因體研究核心實驗室的策略)。 台灣是個小國，電腦科技已有相當的基礎，雖然軟體科技上並不十分成熟，但已經是我們最大的經濟籌碼；如何利用已知的基因序列，加上電腦科技，去找出一條可行的途徑，提升台灣在生物科技界的競爭力，則是我們能否在 21 世紀存活的關鍵。