生物化學基礎 Biochemistry Basics 2008

 細胞與分子 - 胺基酸 - 蛋白質 - 核 酸

酵 素  (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 生物技術)

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■ 細胞與分子  Cell and Molecule

1  生命源起

組合式宇宙粒子   分子演化   原始細胞

2  細胞的生物化學

2.1  原核細胞

2.2  古生菌

2.3  真核細胞

細胞核   內質網   高爾基氏体   微体   細胞骨架系統

細胞膜   粒線体   葉綠体   造粉体   其他

3  細胞分子

3.1  水與 pH

3.2  細胞的組成分子

3.3  分子間的作用力 

離子鍵   氫鍵   疏水性引力   凡得瓦爾力

問題集  (細胞與分子)

■ 胺基酸  Amino acid

1  胺基酸基本構造

2  胺基酸分類

表 1  二十種胺基酸的分類及性質

3  胜肽

4  胺基酸離子性質

4.1  解離常數 (pK_a)

4.2  等電點 (pI)

問題集  (胺基酸)

■ 蛋白質  Protein

1  蛋白質構造

1.1  一級構造

1.2  二級構造

1.2.1  二級構造相當規律

1.2.2  連結性二級構造

1.3  三級構造

1.3.1  三級構造的組成力量

1.3.2  三級構造的立體構成

1.3.3  三級構造的修飾

1.4  四級構造

2  蛋白質性質

2.1  變性及復性

2.2  蛋白質構形是活動的

2.3  蛋白質的專一性結合

3  蛋白質研究技術

3.1  蛋白質純化技術

3.2  蛋白質性質與構造檢定

3.3  胺基酸序列決定法

3.3.1  傳統胺基酸定序法

3.3.2  cDNA定序

3.3.3  以質譜儀定序

問題集  (蛋白質)

■ 核 酸  Nucleic Acid

1  分子構造

核苷酸   核酸   雙螺旋   三級構造   Palindrome   質體 

RNA   基因表現

2  功能性質

重要生理功能   Central Dogma   變性與復性 

鹼基組成的影響   雜合反應   Intron 與 exon

3  研究技術

核酸純化  限制脢  核酸轉印法  基因操作  基因庫建構

PCR  DNA 定序  定點突變  RFLP  人類基因序列計畫

問題集  (核酸)

■ 酵 素  Enzyme

1  酵素的命名

2  酵素的構成 

2.1  全脢

2.2  輔脢

2.2.1  輔助因子

2.2.2  輔脢的作用

2.2.3  輔助因子範例

2.2.4  輔脢與 ribozyme

問題集 (酵素 1, 2)

3  酵素動力學

3.1  酵素催化反應

3.2  酵素動力學

3.2.1  基本概念

3.2.2  Michaelis-Menten 公式推演

3.2.3  Michaelis-Menten 公式意義

3.2.4  V_max 及 K_m 的測定與意義

3.2.4.1  V_max 及 K_m 測定法

3.2.4.2  K_m 的意義

3.2.4.3  V_max 的意義

3.2.4.4  酵素活性定義

3.3  雙基質反應

4  酵素的抑制

4.1  酵素的抑制方式

4.2   不可逆的抑制

問題集  (酵素 3, 4)

5  酵素的催化機制

5.1  酵素活性區

5.2  協同式催化機制

5.3  順序式催化機制

5.4  酵素的專一性

5.4.1  專一性結合區

5.4.2  專一性結合力量

5.4.3  立體專一性

問題集  (酵素 5)

6  酵素活性的調節 

6.1  蛋白質裂解

6.1.1  脢原或前驅體

6.1.2  蛋白脢

6.1.3  Ubiquitin-Proteasome 降解路徑

6.2  磷酸化 (phosphorylation)

6.3  非共價結合之信息傳導分子

6.3.1  cAMP

6.3.2  Calmodulin (攜鈣素)

6.3.3  非共價結合之信息傳導分子

6.4  異位脢 (allosteric enzyme)

6.4.1  Aspartate transcarbamoylase (ATCase)

6.4.2  異位脢的作用模型

問題集  (酵素 6)

7  細胞代謝與酵素調控 

7.1  細胞代謝途徑

7.1.1  代謝調控原則

7.1.2  異化代謝途徑鳥瞰

7.1.3  糖類中心代謝途徑

7.2  代謝途徑中酵素的調控

7.2.1  基因表現的調控

7.2.2  酵素活性調節

7.2.3  激素調控

7.2.4  細胞空間的效用

7.3  研究酵素及代謝的材料

問題集  (酵素 7)

8  酵素在生物技術上的應用

8.1  酵素免疫分析法 (ELISA)

8.2  固定化酵素及酵素電極

8.3  蛋白質工程及人造酵素

8.4  Proteome 蛋白質體

8.4.1  Genome project 基因體計畫

8.4.2  Proteomics 蛋白質體學

問題集  (酵素 8)

 酵素純化與分析  

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參考文獻  References

細胞與分子 - 胺基酸 - 蛋白質 - 核 酸

酵 素 - 生物技術

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textbook

本網頁許多圖片及資料取自下面各來源：

Nelson, Cox (2008) Lehninger Principles of Biochemistry, 5th ed, Freeman, New York  (Major textbook)

Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell, 4th ed, Garland Science, New York

Berg, Tymoczko, Stryer (2002) Biochemistry, 4th ed, Freeman, New York

Voet, Voet, Pratt (1999) Fundamentals of Biochemistry, Wiley, New York

Mathews, Van Holde, Ahern (2000) Biochemistry, 3rd ed, Addison Wesley Longman, San Francisco

Garrett, Grisham (2005) Biochemistry, 3rd ed, Thomson, Belmont, CA

Dressler D, Potter H (1991) Discovering Enzymes, Scientific American Library

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6th (2006)

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