生物化學基礎 Biochemistry Basics 2008

胺基酸  Amino Acid

細胞與分子 - 胺基酸 - 蛋白質 - 核 酸

酵 素 - 生物技術

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目 錄

1  胺基酸基本構造

2  胺基酸分類

表 1  二十種胺基酸的分類及性質

3  胜肽

4  胺基酸離子性質

4.1  解離常數 (pKa)

4.2  等電點 (pI)

問題集 

神奇的 peptide bond 平面可能是生命與無生物的臨界點

 Wikipedia

Amino acid  (中文)

Peptide

Genetic code

     

胺基酸

相關投影片

胺基酸是構成蛋白質的基本單位,而蛋白質是生物体內最重要的活性分子,其中擔任催化種種生理代謝反應的酵素,更是近代生物化學的研究重心。二十種性質各異的胺基酸,連接成多樣的蛋白質,且賦予蛋白質特定分子構形,使蛋白質分子能夠具有生化活性。

胺基酸與蛋白質的故事  (以漫畫說明胺基酸如何組成蛋白質)

 圖 1  胺基酸的基本構造

 

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1  胺基酸基本構造:

胺基酸種類很多,但有共同的基本構造;先畫一個十字,如下述方法在四端加上四個化學基團即可。圖 1 為其基本構造,注意單醣也有類似的基本架構。

 a. 分子構造的中心為一原子,稱為 a 碳 (a carbon)。

 b. 接在 a 碳上,有一個胺基及一個酸基 (故名胺基酸)。

 c. 另有一氫原子及一基團 (R) 接在 a 碳上 (碳為 sp3 軌道)。

 d. a 碳接了四個不同的基團,為不對稱碳,有光學異構物 (D/L)。通常細胞內代謝只使用 L 型胺基酸,但有些細菌細胞壁或抗生素上,有 D 型胺基酸。

 e. 隨 R 基團的不同,各胺基酸的性質互有差異,組成 20 種常用胺基酸  (下表 1)。

◆ 碳原子的 sp3 軌道,是整個蛋白質構造化學的根本,請探討其組成及立體構型。

◆ 辨別一個胺基酸時,請先抓出 a 碳,再以此為中心辨認胺基、酸基及 R 基團。當胺基酸組成蛋白質後,胺基與酸基都用來鍵結,連有 R 基團者即為 a 碳。

Lehninger Biochemistry in 3D  (請點選 Protein Architecture,要 Chime)

 

 

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2  胺基酸分類:

胺基酸由其 R 基團的化學構造不同,可分為數大類。

 a. 胺基酸的基形形色色,有大有小、有直鏈有環狀、有正有負也有不帶電。表 1 列出蛋白質所用的 20 種胺基酸,是以 R 基團的化學構造來分組。

 b. R 基團也可以其極性大小來分類,代表它們親水性的強弱;可把胺基酸分為極性及非極性兩大類,極性者又分為酸性、中性、鹼性三類。

 c. 胺基酸本身的性質,以及所組成蛋白質分子的功能與性質,均決定於 R 基團的本質;這點在說明蛋白質的構造時,更是重要。

◆ 把 20 種胺基的構造多寫幾次,注意 R 基團的極性、大小與其特殊官能基。

The Amino Acid Repository  (德國 Jena IMB 生物技術所網站,所有胺基酸的資料)

  1  二十種胺基酸的分類及性質:

縮寫

R =

(1)

唯一對稱胺基酸

甘胺酸

Glycine

Gly

G

-H (構造最簡單)

極性

含飽和碳氫基團

丙胺酸

纈胺酸

白胺酸

異白胺酸

Alanine

Valine

Leucine

Isoleucine

Ala

Val

Leu

Ile

A

V

L

I

-CH3

-C(C)-C

-C-C(C)-C

-C(C)-C-C

N

N*

N*

N*

含芳香基團

苯丙胺酸

酪胺酸

色胺酸

組胺酸

Phenylalanine

Tyrosine

Tryptophan

Histidine

Phe

Tyr

Trp

His

F

Y

W

H

-C-[C6H5]

-C-[C6H4]-OH

-C-[indole]

-C-[imidazole]

N*

P

N*

P*

含額外酸基

(及其醯胺)

天冬胺酸

天冬醯胺酸

麩胺酸

麩醯胺酸

Aspartic acid

 (Asparagine)

Glutamic acid

 (Glutamine)

Asp

Asn

Glu

Gln

D

N

E

Q

-C-COOH

-C-CONH2

-C-C-COOH

-C-C-CONH2

P

P

P

P

含額外胺基

離胺酸

精胺酸

Lysine

Arginine

Lys

Arg

K

R

-C-C-C-C-NH2

-C-C-C-[guanidine]

P*

P*

含有醇基

絲胺酸

穌胺酸

OH-脯胺酸

Serine

Threonine

Hydroxy Pro

Ser

Thr

 

S

T

 

-C-OH

-C(OH)-C

 

P

P*

P

含有硫

甲基胺酸

胱胺酸

Methionine

Cysteine

Met

Cys

M

C

-C-C-S-C

-C-SH

N*

P

雙胱胺酸 (3)

Cystine

 

 

-C-S-S-C- 雙硫鍵

Cys-Cys (2)

環狀的亞胺酸

脯胺酸 (3)

Proline

Pro

P

(imino acid -C-C-C-)

N

(1) 打有 * 者是人類的必需胺基酸,須由外界攝取。N, non-polar 非極性; P, polar 極性

(2) 兩分子胱胺酸 (Cys) 以雙硫鍵連成二元体 (雙胱胺酸)。

(3) 這兩個胺基酸對蛋白質的立體構造有很大的影響。

 

 

 圖 2  各種胺基酸的分類

圖 2 是特地設計用來說明各胺基酸的構造關係,不是代謝途徑,請特別注意。 圖中把各種胺基酸依其 R 基團的性質不同分類,並安排在台北市地下鐵的模擬地圖上,其中 Ala 是台北總站,因為其他的胺基酸都可由此分畫出來。中央線即為忠孝東路線,由飽和碳氫鏈的胺基酸所組成,與忠孝東路的商業機能有類比關係。

 

 

 

 

 

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3  胜肽: 

胜肽是較短的蛋白質,許多胜肽有重要的生物功能或活性。

 a. 胜肽鍵 (peptide bond) 是由一個胺基酸的酸基,與次一胺基酸的胺基,行脫水縮合反應而成的 C-N 鍵,具有雙鍵的性質,與相鄰總共六個原子在同一平面上,因此 C-N 鍵不能自由轉動。胜肽鍵是構成蛋白質架構的基本單位,非常重要,請注意研究其立體構成。

◆ 練習畫出胜肽鍵的化學構造,注意胜肽鍵平面上各原子的相對位置,不要弄錯。

 b. 兩個胺基酸以胜肽鍵連成的二元体,稱之為雙胜 (dipeptide),三個胺基酸則以兩個胜肽鍵連成三胜 (tripeptide),許多胺基酸連成多胜 (polypeptide);再大的胜肽即為蛋白質。

◆ 含有多少個胺基酸才能叫做蛋白質?並沒有公定的數目,通常幾十個胺基酸長度者可稱為胜肽,而百個以上即稱蛋白質,在這中間的就自行決定。

 c. 某些胺基酸或胜肽具有較特殊的生理活性,如味素 (Glu)、腦啡以及部份荷爾蒙等。

Peptide Hormone  (The Pro-Opiomelanocortin Family 荷爾蒙的裝配線)

大腦神經如何受到化學物質的控制  (一小段影片取自 Discovery 大腦與感官)  wmv, 10 min, 14 Mb

 

 

 

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4 胺基酸的離子性質: 

胺基酸多以離子狀態存在,且經常同時帶有正電及負電基團。

4.1 解離常數 (pKa):

質子是化學層次最小的粒子,很容易由一極性基團解離出來,在水溶液中無所不在;其解離難易可以解離常數 (pKa) 表示,越小越容易解離,水的 pKa 在 6~7 之間。

 a. 質子搶奪:氫原子若與陰電性大的原子 (如酸基 -COOH 中的氧原子) 共價,則其電子易遭搶奪而使質子裸露 (-COO- H+),進而解離出 H+。質子易受帶有高電子密度的基團 (如 -NH2) 所吸引,使後者成為一帶正電基團 (-NH3+)。

 b. Ampholyte:胺基酸的酸基易解離出質子 (成為帶負電基團 -COO-),而其胺基又會接受一質子 (成為 -NH3+)。如此一分子同時帶有正電與負電者,稱為 ampholyte (兩性離子)。

 c. 質子解離:質子解離程度決定於該水溶液的 pH,與其分子上解離基團 pKa 的高低。 pKa 的大小,顯示一個官能基容不容易放出 H+,越小的越容易放出。圖 3 列出各種胺基酸的解離基團及其 pKa,請注意各種基團在不同的 pH 下解離。當環境的 pH 等於某基團的 pKa 時,該基團恰有一半數目的分子解離 (pH = pKa + log ([A-]/[HA]),請見 圖 4 說明。

 

 圖 3  各種胺基酸基團的解離及其 pKa

4.2 等電點 (pI):

等電點是所有分子帶電性質的重要指標。

 a. 胺基酸 a 碳上的胺基及酸基各有一帶電基團,故有二 pKa,分別界定胺基及酸基的解離 pH。此二 pKa 平均值即為該胺基酸的 pI (等電點),即 (pKa1 + pKa2) ÷ 2 = pI。

 b. 若環境的 pH 等於某胺基酸的 pI,則此胺基酸的淨電荷為零;因為在此 pH 下,剛好有一正電基團及一負電基團。Ampholytes 若剛好淨電荷為零,則其正、負電基團數目相等,特稱為 Zwitterion。

 c. 胺基酸的淨電荷是正或負,受環境的 pH 所控制;環境 pH > pI 帶負電,反之則帶正電。上一章圖 3 即說明此一影響,同時請注意,若環境的 pH 離該分子的 pI 越遠,則其所帶之正或負淨電荷越大。

 d. 某些胺基酸的 R 基團,有額外的帶電基團 (例如 Lys 另有一胺基),則可有三個 pKa;即每個可解離出 H+ 或吸收 H+ 的官能基,都有一個 pKa。這三個 pKa 中,有兩個 pKa 的胺基酸各帶一個淨正電或淨負電,則這兩個 pKa 值的平均即為其 pI。

◆ 練習畫出額外帶有電荷胺基酸的 pKa 滴定曲線,並觀察其電荷改變情形。

 e. 多胜在某 pH 下的淨電荷,是所組成胺基酸所帶電荷總和。例如一條十胜所含的 10 個胺基酸 (AELKVGRRDV) 中,若有 5 個胺基酸為非極性,3 個帶正電基團,兩個帶負電,則此十胜在中性 pH 下的淨電荷為 1 個正電。

 

 圖 4  以乙酸為例說明緩衝分子如何在其 pKa 發揮作用

醋酸根會吸收或放出一個質子,可以用解離常數 Ka 描述之;對 Ka 進行數學轉換可得 Henderson-Hasselbalch 公式,此式描述當 [A-] 等於 [AH] 時,環境的 pH 恰等於乙酸的 pKa (= 5),有最大的緩衝效果。

 

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問題集   以下題目不一定有標準答案,甚至會引起很大的爭議,但這就是問題集之目的。

 1. 請畫出一個肽鍵 peptide bond 的構造,並以點線標出 peptide平面。

 2. 為何胜肽鍵平面不能自由轉動?

 3. Histidine 有三個可以解離的基團,其 pKa 分別是 1.8, 6.0 及 9.2,請問其 pI 多少?

 4. 同上題,Histidine 能否用來作為中性 pH 的緩衝液之用?並請說明為何。

 5. 請依括號內的指示寫出下列各胺基酸有何特點或用途: Glutamate (食品) Serine (轉譯後修飾) Tryptophan (藥品) Cysteine (蛋白質三級構造) Proline (蛋白質二級構造)

 6. 以下兩段胜肽有何異同之處?並請問二者的滴定曲線會不會一樣?為什麼?

Ser-Glu-Gly-His-Ala;  Gly-His-Ala-Glu-Ser

 7. 請判斷並說明下列各題的真偽:

a. 胺基酸的 a 是不對稱碳。

b. 下列胺基酸的 R 基團為非極性者:Ala, Val, Ile, Leu。

c. 下列胺基酸的 R 基團都帶有正電荷:Asp, Lys。

d. 下列胺基酸的 R 基團帶有硫原子或氧原子:Cys, Ser, Thr, Met。

e. 兩個胺基酸可以氫鍵連成雙胜。

f. 蛋白質分子是活動的,因兩為個胜肽平面之間是單鍵。

g. 胺基酸分子所帶的電荷不會改變。

h. 胺基酸可作為緩衝液是因為其基團官能基是一種強酸。

i. 胺基酸在其等電點時沒有帶任何電荷在分子上。

j. His 上 imidazole pKa 為 6.0,因此可作為細胞內的緩衝物質。

 8. 寫出含有硫原子的胺基酸:(英文全名) 1______________ 2_______________

寫出含有芳香基團的胺基酸: 1_______________ 2_______________ 3______________

寫出含有醇基的胺基酸: 1_______________ 2_______________ 3______________

寫出含飽和碳氫鏈的胺基酸: 1_______________ 2_______________ 3______________

寫出側鏈基團帶有 -COOH 的兩種胺基酸: 1_______________ 2_______________

 9. 細胞的各種分子構造中,那些構造或分子含有氫鍵? 例如: a helix, 請再回答三個。

那些構造或分子含有疏水鍵? 例如:細胞膜 (請再回答兩個)。

10.有一段 peptide 序列如下: Glu-Phe-Lys-His-Ile-Arg-Val

在 pH = 1 時其淨電荷為 ____;在 pH = 7 時淨電荷為 _____; pH = 11 時淨電荷為 _____

11.請不要看書或講義,畫出上題胜肽的分子構造。(請先畫出胜肽骨架,再填上 R 基團)

12.是非選擇題 (答案寫在內,是→○、非→╳)

1) 在中性 pH 溶液中,那些胺基酸可做為此 pH 的緩衝分子? Val  His  Glu  Trp

2) 在 pH 2 溶液中,那些胺基酸可做為此 pH 的緩衝分子? Val  His  Glu  Trp

3) 下列何者為兩性 (amphoteric) 化合物? 胺基酸  水分子  蛋白質  DNA  葡萄糖

4) 有關 pKa 的性質描述: 解離常數 pKa 是一平衡常數  pKa 越高則質子越容易解離  pKa = 2 的基團在中性溶液下將會帶負電荷  分子所帶的電荷固定不變

5) 下述碳原子何者為不對稱碳? CH4  glutamic acid 的 a 碳  甘胺酸的 COOH  甘胺酸的 a

6) 有關胜肽鍵的性質描述: 其前後八個原子成一平面  胜肽鍵 p 電子共振  胜肽鍵可以自由轉動  胜肽鍵是經加水反應生成的

13.寫出三個具生理功能的胜肽: 1_______________ 2_______________ 3______________

14.當一個分子上的正電荷數目等於負電荷,此種離子狀態稱之為 _____________;而此時的 pH 則為此分子之 _______。

15.若某一弱酸的解離常數 pKa 為 5,若此弱酸被用來作為緩衝液分子,其適用範圍多少?

16.胺基酸單位是以代謝路徑被合成出來的,而蛋白質是以 DNA 為信息經由 RNA,把胺基酸連接起來轉譯而得;那麼大約含有十個胺基酸的胜肽是如何合成出來的?

 

 

 

 

本網頁最近修訂日期: 2008/02/09