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P7 生物資訊學應用 Protein Sequence Analysis：序列搜尋及比對 |
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視蛋白質樣品純度及濃度，可由蛋白質 N-端定序或 Q-TOF 質譜儀定序，得到約 10 到 30 個胺酸序列。可利用序列搜尋軟體，對基因或蛋白質序列資料庫進行搜尋及比對。如果蛋白質來自已定序完成的基因體，如阿拉伯芥或人類，則比對的結果有助於蛋白質的鑑定。如果蛋白質來自其他物種，或未曾登錄於資料庫中，則搜尋分析的結果可用來推測可能的蛋白質種類，或進一步據以設計引子。 |
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軟硬體： |
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許多生物資訊資料庫皆提供 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 的服務工具，它可以圖形介面執行，也可用文字登入，以指令模式執行 (指令模式可由 GCG 軟體套組中執行)。 |
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操作步驟： |
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圖形介面 - 以 Swissprot 為例： |
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1) 在瀏覽器位址列鍵入 www.expasy.ch。 |
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3) 點選 BLAST。 |
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4) 將序列鍵入適當位置並執行。 |
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5) 請留心每個選項內的參數選定，如搜尋的資料庫是基因序列或蛋白質序列。 |
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6) 俟結果畫面出現後，依比對結果得分高低，及生物學背景知識來綜合判斷料的可信度。 |
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指令模式 - 以國衛院購置 GCG 軟體套組為例： |
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1) 利用終端機模擬軟體，PC 中為 telnet，Mac 中為 iterm。 |
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2) 於提示號後鍵入 telnet bioinfo.nhri.org.tw。 |
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3) 分別輸入帳號及密碼。 |
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4) 鍵入 GCG 確認環境並檢查系統中可用資料庫。 |
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5) 鍵入 seqed 及執行。 |
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6) 以 ctrl-d 切換及輸入檔案說明及序列。 |
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7) 以 ctrl-x 跳出並建立新序列檔名。 |
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8) 鍵入 blast。 |
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9) 依次回應軟體執行所需參數及新序列檔名，並命名結果檔名如 result blast。 |
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10) 完成後鍵入 more result blast。 |
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11) 俟結果畫面出現後，依比對結果得分高低，及生物學背景知識來綜合判斷資料的可信度。 |
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2011/07/15 |
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